故事發生於可移動的海島國家伊蘇城——一座長三十公里、載有兩百萬人口的巨型移動船艦，以遠古渦輪引擎驅動，靠突破封鎖線的走私貿易周旋於統治海洋的聯合帝國與統治大陸的普世帝國之間。世界觀混合蒸氣工業、以太魔法與遠古科技：施法需消耗以太，法術分環數，七環之上稱聖者。世界中的「神」被設定為受困於宇宙中的意識，其分裂出的數種歷史詮釋理念（絕對精神、必然性之光、終末句點、智慧啟蒙、全景異托邦、永恆輪迴等）各自挑選神選者並彼此鬥爭。
主角芙雷德莉卡（芙雷德），伊蘇城前王室公主，銀髮金眸，繼承時光龍血統。她留學期間，叔叔勾結聯合帝國政變，弒殺其父母與幼弟奪取王位。她潛回伊蘇城，以額外入學管道進入第一高中，白天上學、夜間到漁港做漁獲審計，尋找只有王室繼承人才知道的祕寶。故事開場，她因拒絕老闆之子的包養提議而怒罵人資主管，被錄音為由開除並扣薪；雨夜崩潰後，她以復仇為由重建生存意志。唯一的友人緹娜，粉髮的中產律師之女，借錢給她並提供「祕寶已移往大學歷史科技研究室」的情報。
芙雷德潛入大學，目睹智慧啟蒙麾下的寶物獵人「異寶尋獵者」摧毀研究室取得手環，並與聯合帝國聖者交戰。她趁隙以感應石奪走手環，隨即被寶物獵人擊中腹部瀕死。血滲入手環，完成與歷史理念「永恆輪迴」的契約，並喚出「影子」——上一個宇宙中境遇順遂、同為必然性之光神選者的另一個芙雷德莉卡。芙雷德以時光倒流回復傷勢、抽回敵人的奈米藥劑療效，用龍炎將重傷的寶物獵人燒死，取得幽能手槍、能量盾、光束劍柄與一個機械硬碟。
她回校欲道謝，卻發現緹娜已自殺。潛入緹娜房間後，影子感應到「魔法引誘的憂鬱症」，芙雷德據此認定兇手是聯合帝國聖者、參與政變的吸血鬼「瘟疫魔女」。此後她展開系列復仇：在勞工討薪的衝突中覺醒「時光遲滯」與「龍威」，以恐嚇逼出人資主管的真心話，主管受刺激猝死；她應聘女僕潛入港運公司老闆宅邸，殺死意圖侵犯她的老闆並取得議員勳章。此時登場的聖者「書寫家」——阿卡迪亞王國使者，能以筆書寫命運使其實現——以命運操縱制伏她並將她收容進星界。她靠精準時間感知找到位面薄弱處逃出，由影子施法交換命運以躲避追蹤，並與普世帝國大使萊歐達成結盟，取得安全屋與資金。
她透過偵探「銳眼的約爾格」找到「不說話的索菲亞」——世代維護伊蘇城管理電腦的沒落貴族之女，長期遭母親以婚配逼迫毆打。芙雷德為她贖回電腦工具、在她上吊後以倒流時光救活，並帶她脫離家庭；索菲亞則替她破解硬碟，那是可利用活體認證漏洞改寫伊蘇城管理電腦最高權限的工具，並附有一份以芙雷德為目標的獵殺委託紀錄。期間芙雷德在與影子的長篇對話中，逐步領悟永恆輪迴的三重含意，並學會「再上映」「不反思者」等能力。她潛入公爵府邸，發現阿卡迪亞策動的政變名單，決定殺人並舉報以離間阿卡迪亞與聯合帝國；她在拍賣會爭奪儀式材料「沙漏之龍腦垂」時遭該公爵當眾羞辱落敗，當夜偽裝成書寫家闖入其府邸，阻止以僕役為祭品的血魔法儀式，殺死血魔法師與公爵，取回腦垂。
為取得最後材料「夢迴花」，她潛入皇家倉庫，卻因約爾格被捕遇害洩漏行蹤而遭伏擊；皇室老管家與其孫女以替身誘敵掩護她。她把命運換回自身，觸發書寫家「我能抓住芙雷德」的既定命運，使書寫家與瘟疫魔女正面交戰。書寫家寫下「我能擊敗瘟疫魔女」並重創對方，卻死於瘟疫魔女早先透過「讓全城老鼠跳進熱湯」而植入他體內的鼠疫。芙雷德完成通神術儀式，借得前世力量，在意識被「癲狂目光」擾亂後靠緹娜留下的話語回神，以「不反思者」定住瘟疫魔女並將其撕裂。
她以龍威震懾軍隊、處死叔叔、饒過堂弟妹，於議會插入硬碟取得伊蘇城最高權限並封堵漏洞，成為女王，並冊封約爾格之弟、索菲亞與管家孫女。從書寫家遺物取回的緹娜日記揭露真相：緹娜的律師父母為讓女兒擠進大學繁星名額，僱用殺手要除掉芙雷德，緹娜受命把她騙去大學，事後因收到芙雷德親手織的圍巾與感謝信而羞愧自盡，遺書為「我不配當人」。芙雷德欲廢除應試教育，管理電腦AI指出選拔與階級比例（4%／16%／80%）是統治結構的必要環節；影子進一步指出緹娜真正的困境在於上升位置本就固定，而芙雷德自己既擠掉了她的名額，如今又成為秩序的支配者。由此她領悟永恆輪迴的第三重含意：苦難重複、反抗的暴力重複、反抗者奪權後成為壓迫者亦重複。
故事以三個並列結局收束。〈絕對精神〉：她大規模清洗上層，處死緹娜父母，頒布階級流動法案（每年處死並充公數個富裕家庭）、扶養者同死法案、智識者羞辱法案，以暴力公開宣示產權由暴力維持，被稱為癲狂龍姬。〈永恆輪迴〉：她只清算最惡名昭彰者，驅逐緹娜父母，推動女性參政與財產權，短暫繁榮後因既得利益者一致反對而放棄深化改革，階級再度固化，最終對民間陳情漠然以對，複述努力論。〈歷史終結〉：她選擇背叛仇恨，向影子學習控制論，任用緹娜一家，以政治獻金與普選、考選制、科層與優績主義、二元對立議題與廉價娛樂，建構一個令人自願接受選擇的反烏托邦，並以移民與對外擴張填補金字塔底層。三結局共同指向文本的核心命題：歷史藉否定性（仇恨）改進自身，但改進未必朝向至善，其終點可能是永恆的奴役、政治的愚弄與傳承的血脈。